VLM-institutet ägs av 15 organisationer i mellansverige. Associationsformen är ideell förening.

De 15 organisationerna är: Bollnäs, Borlänge, Enköping, Falun, Hudiksvall, Mora, Ovanåker, Sandviken, Söderhamn, Uppsala, HåboTierp/Älvkarleby, Gävle, Hälsinglands utbildningsförbund.

Föreningens högsta beslutande organ är stämman. Stämman består av en eller flera ombud per ägarkommun beroende på hur många lärare och elever som är verksamma i kommunen. Stämma hålls i mars månad varje år.

Stämman utser en styrelse. I styrelsen sitter ”skolfolk” från medlemskommunerna. Ordförande är Per Olén från Borlänge kommun. Övriga ledamöter är Charlotte Franzén Gävle, Emma Nyberg Hudiksvall, Katarina Ahlström Bollnäs, Johan Rasmussen Ovanåker, Erik Björk Söderhamn, Kristina Johansson Sandviken samt Johan Aspersand och Jens Persson från Uppsala.

Styrelsen har FoU-rådgivare som ett strategiskt stöd i sitt arbete. FoU-rådgivarna är forskare, företagare och personer som arbetar med skolutvecklingsfrågor.

Styrelsen har utsett Jens Persson till institutets föreståndare.