VLM-institutet ägs av 13 organisationer i mellansverige. Associationsformen är ideell förening.

De 13 organisationerna är: Bollnäs, Borlänge, Enköping, Falun, Hudiksvall, Mora, Ovanåker, Sandviken, Söderhamn, Uppsala, Håbo, Gävle, Hälsinglands utbildningsförbund.

Föreningens högsta beslutande organ är stämman. Stämman består av en eller flera ombud per ägarkommun beroende på hur många lärare och elever som är verksamma i kommunen. Stämma hålls i mars månad varje år.

Stämman utser en styrelse. I styrelsen sitter ”skolfolk” från medlemskommunerna. Ordförande är Katarina Ahlström från Bollnäs kommun. Övriga ledamöter är Charlotte Franzén Gävle, Emma Nyberg Hudiksvall, Per Olen Borlänge, Johan Rasmussen Ovanåker, Erik Björk Söderhamn, Kristina Johansson Sandviken samt Anna Serrander och Jens Persson från Uppsala.

Styrelsen har FoU-rådgivare som ett strategiskt stöd i sitt arbete. FoU-rådgivarna är forskare, företagare och personer som arbetar med skolutvecklingsfrågor.

Styrelsen har utsett Jens Persson till institutets föreståndare.